Ministerstwo Edukacji Narodowej dysponowało sumą 3,4 mln zł na wszystkie projekty w ramach priorytetu III Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki. Pieniądze te miały pomóc w dostosowaniu nauczania do potrzeb rynku pracy, poprawieniu jakości kształcenia nauczycieli oraz opracowaniu skutecznych metod oceny sposobów nauczania. Najwyższa Izba Kontroli, która uważnie przeanalizowała 21 projektów, uznała, że MEN nie wykorzystało dotacji we właściwy sposób.

Zarzuty NIK dotyczyły przede wszystkim braku danych, które wskazywałyby na to, że projekty finansowane przez UE osiągają zakładane cele. Z przeprowadzonych badań wynika, że w niektórych przypadkach aż 85 proc. uczestników studiów podyplomowych za unijne pieniądze nie znalazło zatrudnienia w profesji, do której byli przyuczani. Koszty kształcenia nauczycieli były natomiast nieracjonalnie drogie, niekiedy aż czterokrotnie droższe, niż takie same studia, oferowane przez uczelnie w roku akademickim 2012/2013.

Problemem okazał się również brak dbałości o pozyskanie praw autorskich od produktów, które powstały w czasie trwania projektów. W efekcie realizatorzy odmawiali przekazania opracowanej przez siebie innowacyjnej formy edukacji. Dla projektów oznacza to spore straty finansowe, a zgodnie z analizą NIK same koszty zarządzania nimi były i tak wystarczająco wysokie. Wynosiły nawet ponad 60 proc. całościowych kosztów.

Egzaminu nie zdały również projekty systemowe. Najdroższe z nich, prowadzone przez MEN, Centralną Komisję Egzaminacyjną oraz Ośrodek Rozwoju Edukacji, w większości nie miały wpływu na osiągnięcie zakładanej wartości żadnego wskaźnika produktu dla założonych działań. Dotyczy to m.in.: modernizacji systemu zarządzania i nadzoru w oświacie, rozwój systemu egzaminów zewnętrznych, poprawę jakości kształcenia, otwartość systemu edukacji w kontekście uczenia się przez całe życie.

MEN odbiera zarzuty twierdząc, że NIK w swoich analizach odwołał się do standardów obowiązujących w 2012 r. do projektów, realizowanych w latach 2007-2009. Resort dodaje, że zgodnie z najnowszymi danymi, wszystkie środki przyznane przez Unię zostaną wykorzystane.