Księgi podatkowe z wadami lub prowadzone nierzetelnie mogą być zakwestionowane przez urząd skarbowy. Stawiane zarzuty muszą zostać opisane w protokole.

Księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód na to, co wynika z zawartych w nich zapisów. Za rzetelne uważane są księgi, których zapisy odzwierciedlają stan rzeczywisty. Z kolei za niewadliwe uważa się takie, które prowadzone są zgodnie z zasadami wynikającymi z odrębnych przepisów.

Z uwagi na to, że te dwa pojęcia zostały zdefiniowane w pewien niedookreślony sposób, w praktyce często wykorzystywane są jako podstawa twierdzenia, że księgi podatkowe nie mogą stanowić dowodu, co prowadzi do oszacowania podstawy opodatkowania.

Według niektórych ekspertów, zakwestionowanie mocy dowodowej ksiąg podatkowych powinno być poprzedzone szczegółowym postępowaniem. Organ musi w nim wskazać nieprawidłowości dotyczące konkretnych zapisów oraz dowodów księgowych.

Do oszacowania podstawy opodatkowania może prowadzić tylko stwierdzenie, że wszystkie zapisy dokonane w badanym okresie są nierzetelne.

W przeciwnej sytuacji powinniśmy mieć do czynienia z tzw. szacowaniem cząstkowym. Polega ono na określeniu podstawy opodatkowania wynikającej z poszczególnych operacji, która następnie powinna zostać zsumowana z tą wynikającą z zapisów, które nie zostały zakwestionowane.

W żadnym wypadku organy podatkowe nie mogą domniemywać nieprawidłowości prowadzenia ksiąg rachunkowych lub ich wadliwości. Źródło: GP